台湾农委会畜试所于1983年研究规划并首造了台湾岛内一贯式猪粪尿废水处理设施，包括废水处理系统、堆肥发酵处理、污泥处理沼气发电利用等全套式处理设施，获得岛内外专家学者、产业及养畜农友的好评及学习，在短短几年内，养猪废水处理设置率达90%以上，其主要技术设备覆皮式厌氧发酵槽及恒压桶，迄今仍为岛内外最普遍采用之厌氧发酵槽。经多年之研发，近期已成功推出组合式沼气，纯化设备，可去除沼气中硫化氢98%以上，甲烷90%以上，降低了沼气腐蚀性并提高沼气之能量与用途。产生的沼气可应用于煮沸、热水器、仔猪保温、锅炉、剪草机、抽水机、汽车与发电等。其中以仔猪保温器与沼气发电成果应用最为普遍，不但达到了节能减碳目的，更符合减少温室气体二氧化碳排放量之未来趋势；该系统畜禽粪尿废水处理场污泥与资源的开发利用，可以避免处理后之污泥任意排放造成二次公害问题，除制成污泥堆肥当有机肥利用及调整成栽培土取代市售栽培土外，还研制成污泥砖、污泥花盆等可分解环保产品，取代塑胶制品应用于种植园艺作物；在环保畜舍与燃料油开发方面，利用密闭式水帘式畜舍于畜舍出口处设置喷雾式臭味防治设备，降低畜禽舍之臭味；将处理水循环再利用达到无排放水，即将处理水制成液体肥料回归农地。还可将畜禽粪便收集后直接经热化学转化设备制成燃料油，每公斤畜禽粪便可产制10-25mL燃料油，化粪土为黑金，剩余之液体则当液体肥料。