台湾淡水养殖研究中心将生物技术应用于杂交单雄性吴郭鱼苗的检测上，可用来测定种原纯度，并找出混杂苗所占比例，可藉以比较不同批鱼苗之品质差异，供繁养殖者参考。

吴郭鱼在天然环境下很容易杂交繁殖，杂交子代也能代代相传，因此纯种之取得越来越难。种苗业者大都以人工方式挑选种鱼，故有可能挑选到不纯的种鱼进行繁殖。混杂其他鱼种遗传基因的种鱼，极可能导致所生产的鱼苗雄性比例的降低，在养殖过程中也会因子代繁殖多，而造成成长较缓慢等问题。吴郭鱼苗纯度检测技术可应用于鱼苗品质检测，由检测记录结果显示，台湾市售的单性吴郭鱼苗的纯度为86%，即超过一成的鱼苗品质有疑虑。如果能用纯度佳的种鱼进行繁殖，则其生产鱼苗的纯度可达到98～100%，能解决鱼苗雄性比例偏低的困扰，进而提升养殖效益。