台湾新鲜菇类年产量达14万吨，其中多种菇类需以堆肥方式进行栽培，而目前传统堆肥的制作发酵模式不仅耗工(每次至少要4～8人工)，又需锅炉燃烧燃油产生蒸气作为灭菌之用，所制作堆肥品质参差不齐，不仅产量低，使用所致病虫害多又容易产生恶臭等污染。台湾“农委会”农业试验所成功开发的隧道式堆肥室内发酵技术，主要以室内方式进行发酵，只需2人工即可操作，不需烧燃油，可降低空气污染、提高堆肥品质、缩短近一半的制作时间与稳定产量。在添加有机添加物后，于发酵槽内进行，藉由温度与外气的控制，使堆肥在理想的条件下，进行发酵，可人工完全掌控其发酵状态。该堆肥固态发酵技术成功应用在栽培优质的洋菇、紫丁香蘑、巴西蘑菇与鸡腿菇等菇类，并已分别取得堆肥制造设备与栽培基质调制方法台湾新型第M277749号专利与发明第I275346号二项专利。比目前的传统堆肥发酵方法不仅降低生产费用，增加栽培者收益，而且其栽培区不会因砍树引起水土保持与环境生态迫害等问题，又可解决稻草焚烧造成环境污染的公害与碳排放问题。

目前该技术还成功利用稻草、蔗渣等大宗农业废弃物做堆肥材料，应用于栽培洋菇及紫丁香蘑与鸡腿菇的量产。农业试验所还开发盘固拉牧草室内堆肥发酵技术，供作巴西蘑菇的栽培，比现行的木屑太空包方式产量高出近20%，同时发现在菇体重金属含量方面，以专属的盘固拉草堆肥配方制作之堆肥所栽培的巴西蘑菇，完全合乎“卫生署”之要求，可让巴西蘑菇的消费者能够安心与信任，有助于台湾巴西蘑菇产业之发展。