台湾渔业多元化经营建设计划（中长程2013至2016年度），系结合“中长程公共建设计划”及“爱台12”建设，拟定未来四年细部推动计划。本计划针对沿近海渔业、养殖渔业、振兴渔港设施机能、加速渔产品运销通路相关设施建设及石斑鱼产业发展等分别订定以下目标：

一、一方面通过实施减船收购措施，降低渔捞量，将台湾渔船筏数量减少至2万艘，并针对资源破坏性较大之渔业渔船，在合理范围内加成计价，以加速调整沿近海渔业资源产业结构。另一方面加强台湾沿海重要栖地维护及渔场复育工作，增加渔业资源之产出，持续辅导传统渔业转型为休闲渔业及针对海洋生态影响较大的渔业进行转型辅导，以降低渔业资源捕捞压力，并加强渔业监控、管制及调查了解渔业资源利用状况，以制定合理利用渔业资源之政策措施，期以减少投入、增加产出之方式，促使渔业资源永续利用。

二、为促进养殖渔业与环境和谐发展，持续改善养殖渔业生产区及鱼塭集中区供排水设施等相关公共设施，以改善养殖地区淹水问题、稳定提供洁净海水降低地下水需求、改善养殖作业环境为目的，并兼顾水土资源永续利用以照顾渔民生活为目标。

三、渔港建设将在既有渔港建设基础上，以“整建、修建”为主，以维护现有渔港基本机能为主要工作，依据各渔港的使用现况及有待改善的项目办理既有设施之改（兴）建、港区整体环境之清洁与安全维护等工作或污染监测及防治示范性计划；配合渔港多元化发展及配合观光休闲活动之需求，办理魅力渔港及观光渔港之服务设施增设或改善，建构多元化渔港及推展海上观光休闲、共享港湾资源之整体目标。

四、加速渔产品运销通路相关设施建设部分，持续协助有迫切需求之地方政府办理老旧鱼市场之改（迁）建，建构高效能、卫生安全渔产品运销体系及渔产通路职能、透明公平交易环境；改善鱼货直销中心与周边游客休憩附属设施，吸引观光人潮，达成加速推动建设现代化鱼市场，带动渔港繁荣的目标。

五、石斑鱼养殖产业将依精致农业健康卓越方案订定之目标，产业稳定发展后，每年仍应维持固定产能；积极辅导开发石斑鱼等养殖水产品多样性产品，除增加国际市场广度外，亦拓展岛内市场，俾使产业永续发展。