台湾高雄区农业改良场近年来积极投入微生物肥料丛枝菌根菌应用技术开发，目前已获得多种本土良好菌根菌种，并在木瓜田试验。结果显示，幼苗接种丛枝菌根菌后，具有提早开花、结果、增进果实品质与产量等效果；田间试验结果发现，预防木瓜根腐病发生的效果极为显著，目前正积极重复田间试验，以进一步确认效果。期望未来丛枝菌根菌能应用于木瓜的栽培，在雨季期间有效减少木瓜根腐病发生，开创崭新的木瓜根部保护技术。

木瓜根腐病(俗称败根)主要由卵菌类的病原Pythium spp.引起，该病菌和果实疫苗(Phytphthora spp.)同类，都是雨季木瓜最致命的病害。而丛枝菌根菌能与木瓜根部共生，结合形成菌根，有促进植物吸收矿质养分、水分、抗逆境及防治病害的效果。木瓜在育苗阶段接种菌根菌后，可促进幼苗根系发展，并藉由菌根的形成，提高移植存活率。高雄场于木瓜园进行初步试验，因适逢雨季，未接种对照区的木瓜根腐病发生严重，几乎死亡殆尽，而接种丛枝菌根菌的瓜株根腐病发生极少，大多生长健旺，效果令人惊艳。木瓜育苗阶段进行丛枝菌根菌接种，除可使幼苗“身强体壮”外，对成株期的根腐病，更有优异的预防效果，而木瓜幼苗经接种形成菌根后，在适当土壤条件下，菌丝会伴随根系生长不断延伸，无需一再接种，除施用方便外，更可永续保护根系的发展。