番茄为全世界产量最高之重要蔬果作物之一，营养、产量及经济价值极高。番茄生育过程中极易遭受根瘤线虫、晚疫病、萎凋病及细菌性斑点病等病虫病菌为害，严重影响产量与品质。为避免农药过度使用、节省栽种成本且维护农业生态环境，并使消费者免于担心农药残留的问题，达到农业生产与消费永续经营，培育抗病品种为最经济有效防治病害手段之一。

传统选拔抗病番茄品种必须等候植株生长后，由人工接种病原菌或于病圃自然感染后加以判断，耗费时间且易受发病环境影响判断结果，育种者需有相当之经验方较能正确鉴定。近年蓬勃发展的分子标志辅助育种技术（marker-assisted selection，MAS）能够不受环境影响，并于早期鉴定作物抗感病基因型，可大幅提升育种效率，对于育种者收集抗病种原及育成杂交一代品种将有相当大助益，此一成熟技术亦能够立即应用于协助台湾业者育成抗病品种，提升台湾种苗产业国际竞争力。台湾种苗改良繁殖场与岛内研究单位已合作开发可有效鉴别番茄抗黄化卷叶病、抗斑点萎凋病、抗嵌纹病、抗萎凋病及抗根瘤线虫等分子标志，部分技术已移转给台湾种子公司，并已实际应用于抗病育种产业，陆续生产受国际欢迎之商业品种。