台湾“农委会”畜产试验所花莲种畜繁殖场为了保护台湾黑山羊品种免于凋零，自1986年起，选择具台湾黑山羊外表特征的羊群，在花莲无污染的环境下，进行长期种原保育及品种选育的工作。历经数十年的纯种繁殖及杂交选育，分别选出两个黑山羊品种（系），分别命名为“台湾黑山羊花莲品系”及“吉安山羊”，并于2014年申请品种命名，获“农委会”审查通过。自此，这些台湾旧住羊可谓已领到了两张新身分证。

这两种肉用黑山羊，外观毛色全黑，具抗病、耐热、耐粗及母性佳等遗传特性。其肉质鲜美且低腥膻味，除可供传统中药炖煮食用外，更适合烹饪各种美味的羊肉料理及制作特色化羊肉加工品。由于黑山羊对环境耐受性强、耐粗性佳，适合生存于台湾乡土环境或较贫瘠之地区，可以酒糟、豆腐渣、花生藤、粗糠等在地性农副产物为饲料。采用放牧或半圈放牧的经营方式，创造“乐活放牧羊”的特色，也可区隔进口羊肉市场，增加羊农收益。