福建自由贸易试验区总体方案2015年4月由国务院印发。马尾有22平方公里的区域纳入福建自贸区建设范围。具体而言，马尾将着力对接台湾高科技园区，加速两岸产业融合发展；推进重点台资企业增资扩建，打造两岸高新产业合作基地；拓展两岸金融合作，设立闽台区域股权投资基金，争取台资银行在马尾设立支行，建设两岸海洋金融合作银行。同时，加强两岸服务外包产业合作；成立两岸创意文化产业园等。提速闽台乡村旅游示范基地建设，发展过境旅游，争取台湾居民入境72小时免签注。

马尾区长许毅青称“抓住建设自贸区的契机，加强两岸休闲农业交流合作，促进琅岐海峡两岸农业合作示范区发展。重点完善琅岐2平方公里自贸区的基础设施配套，建设两岸健康产业基地和台湾商品城，打造‘两马’交流合作示范区。”