全世界番茄栽培面积高达473余万公顷，被列为全世界产量最高的30种作物之一。番茄栽培过程中，种子及种苗均易遭受病虫危害，严重影响定植后产量与品质，因此育成优良抗病品种成为各国种子公司最重要育种目标，以减少农药施用量、确保产量与品质。目前不抗病种子售价约新台币0.5元/粒，抗病种子售价约1.5～3元/粒，种子（苗）产值非常庞大。

台湾农业试验所种苗场利用PCR（聚合酶连锁反应仪），通过抗病基因DNA检测技术，即分子标志辅助育种技术，可在众多番茄种子（种苗）中筛选出抗病品种，在幼苗阶段即可鉴定作物是否具有抗病基因。目前开发完成番茄抗黄化卷叶病毒基因（Ty1，Ty2，Ty3，Ty5）、抗斑点萎凋病毒基因（Sw5）、抗嵌纹病毒基因（Tm1，Tm2，Tm22）、抗萎凋病基因（I1，I2，I3）、抗晚疫病基因（Ph2，Ph3）、抗黄萎病（Ve1，Ve2）、抗叶霉病（Cf5，Cf9）、抗根连线虫基因（Mi1）等简易DNA检测技术，可缩短育种时程，相关技术已技术转移岛内番茄育种业者，有助于大幅提升台湾番茄品种的国际竞争力。