益生菌在人类保健方面可调节肠胃功能、增强肠道免疫力、抑制过敏反应。同样地，将益生菌施用于水产养殖上，也具有改善养殖环境、增进水产生物成长、降低养殖生物疾病的发生、增加抗病能力及减少抗生素的滥用等功能。

目前台湾地区水产试验所研发应用的益生菌包括藤黄微球菌、枯草芽孢杆菌、梭形芽孢杆菌、球型红杆菌、紫色非硫光合菌、清酒乳杆菌、 肠膜明串珠菌及短小芽孢杆菌等。

藤黄微球菌、枯草芽孢杆菌及球型红杆菌具有改善养殖池水质、调整水产物消化道细菌相及促进其成长等能力，经研究证实，如能配合链球菌疫苗投喂，可有效增强试验鱼对抗细菌性疾病的免疫力。紫色非硫光合菌在养殖池中同样具有抑制病原菌、降低水中氨氮废物及稳定养殖池水质的功效，目前在提高池中石斑鱼白身苗的育成率的功效显著。梭形芽孢杆菌则对链球菌及发光杆菌等病原菌具有强拮抗能力。清酒乳杆菌对栖息环境的耐受性强，对于氯霉素及四环素等抗生素具有药物敏感性，同时具有清除多种危害人体自由基的功能。肠膜明串珠菌B4会产生葡聚糖及寡糖，可调整养殖鱼虾肠道的菌相。短小芽孢杆菌D5 则具有抗水产病原弧菌能力，将其添加于饵料中喂食白虾，可提升白虾免疫力。

水产养殖益生菌在未来发展的趋势，已不再是单靠一菌种的功效，台湾地区水产试验所相关的研发也将朝向复合式的益生菌方向前进，组合不同功能的益生菌，利用复合式细菌可同时达到净化水质、增进养殖鱼虾的成长及促进水产物免疫力提升的效果，有助于减少养殖用药、生产优质水产生物及提升水产品的食用安全性。