台湾自1993年开放赴大陆投资或技术合作，其中农业类投资项目累计共5241件，金额44.25亿美元（2010年1月止）。农业投资项目中，以食品、饮料制造业及皮革、毛皮及其制品制造业等为主，其中农、林、渔、牧业等初级农业投资金额占6%。

为保护台湾农业研发成果及重要农产品之农户权益，避免台商赴大陆进行农业投资，导致台湾农业科技智慧财产与品种流入大陆，影响农业长远发展，台湾“农委会”迄今已将434项具有技术优势或生产量多之农产品，如种畜、种苗、水产苗等，公告为“在大陆地区从事投资或技术合作农业禁止类之产品项目”。除上述农业类产品项目列为“禁止类”外，农委会还采取以下配套措施维护台湾农业优势，包括：一，加强建立及维护台湾农业核心竞争力，针对农业品种及科技保护、农产贸易及检疫各方面规范订定完整之配套法规措施；二，持续推动农业研发创新，加强智慧财产权保护；三，建置农业相关产业及技术人员赴大陆之管理模式。因应两岸交流日趋频繁之趋势，台湾农委会将配合推动建立两岸农业经贸咨商，以及进行两岸农业智慧财产权协商，保障台湾农民权益及确保台湾农业竞争优势。