台湾目前每年屠宰猪约875万头，牛约2.8万头，猪、牛饲养的畜牧废水如未适当处理，将造成河川污染。为因应民众对环境品质的要求，台湾“农委会”积极辅导农民进行污染防治，使其畜牧场排放之废水达至放流水标准。

为维护养猪场及养牛场卫生及猪、牛的健康，以往农民习惯以清水冲洗畜舍。经“农委会”多年辅导，目前饲养规模达200头以上的养猪场，均已设置废水或廊肥处理设施；由于废水大多采用三段式系统，并以生物处理为主（包括厌氧和好氧处理），在环境条件急骤变化或农民操作不慎时，将导致微生物分解效率变差而使排放废水超过流水标准。为配合台湾“行政院环保署”河川污染整治工作，“农委会”多年来加强执行“强化畜牧废水辅导体系”计划。以2009年为例，全年已辅导养猪、养牛畜牧场计301场，提升其废水处理效能，推估畜牧废水每日约可消减BOD、SS、COD计2906吨。“农委会”翼籍由强化废水辅导工作，辅导畜牧业者污染防治观念朝向减量、回收、循环、再利用之世界趋势，并追求产业零污染之目标。