台南市水产动物疾病行动医院于2010年11月正式启动，一部装载各项检验诊断仪器的诊疗服务车在台南市养殖业者的鱼塭旁展开水质检验、鱼体解剖检验服务。这项服务是提高水产疾病诊断时效的一大突破。

该行动医院配属的“水产动物疾病诊疗服务车” 内装配置光学显微镜及数码影像撷取系统、水质检验仪器、鱼体解剖检验配备、鱼病毒检验试剂、细菌染色试剂等疾病配备。这些检验设备原本都设置于台南市动物防疫所，渔民拿养殖水或病鱼检体往返检疫所很花时间，而到鱼塭现场检验，渔民在极短时间即可确知病变原因，施以正确的防治方式以减少损失。

水产养殖最基本也是最重要的是水质，绝大多数的鱼虾病变是由养殖水不良引起，该服务车现场检验养殖水，包括温度、PH值及对鱼生命威胁极大的氨浓度、亚硝酸浓度等、并可诊断处理养殖鱼虾常见外寄生虫、病毒、细菌感染，并将显微镜下所见即时投影与荧幕上，供渔民了解生病元凶的真面目，现场的兽医师可以开立处方，建议正确的用药或处置方式。水质病变的时间很急迫，可能早上送水到防疫所，下午已经恶化到不可收拾了，因此抢救的时间点非常重要，行动医院解决了这个难题。